年轻，没有合适的人选来担当主要领导职位，刘芾只能把一些比较出se的年轻军官和招募来的德国退役教官，都编成一个指挥系统，通称参谋部，内分水师和陆军两套班子，自己任参谋部长，负责统领全局。不过，为了低调更低调，新军对外通称刘铭传为一把手，老爹对于这种顶在前面当盾牌的角se，毫无怨言，坦然接受，还夸奖刘芾ri渐成熟，可见天下父母心啊。
刘芾这边紧忙，刘铭传也没闲着，有几次拖着半身不遂的身体，由刘芾陪同，观看了新军和水师的实弹演习。见到新军完全不同于淮军的作战方式和明显先进不少的武器，尤其是观看了鱼雷快艇和潜艇的联合作战以后，信心大增，对于刘芾也更是信任，逐渐把台湾总兵万国本的淮军分批并入新军，合适者留用，不合适者刘芾发放高额遣散费，供其在台湾置家或回安徽老家。
万国本是刘铭传的安徽老乡，从打捻军开始就一直跟着刘铭传的铭字营。来台以后，一起打跑了法国人，继而担任了台湾总兵一职，虽然对于刘铭传架空自己的做法不太高兴，但是在刘铭传的说服工作下，还是比较配合，又是老乡又是顶头上司，不配合也得配合，更何况刘芾弄个那个新军明显比自己带的淮军厉害，自己帮着做点表面工作也不是很不甘。