部队正式成立，共分为两个舰队，第一潜艇大队和第二潜艇大队；第一大队队长为吴明学，福建人，是水巡队第一批的队员；总部位于基隆，分驻香山、基隆两个港，主要防御台湾的北、东两面；第二大队队长施仁杰，台湾移民，祖籍浙江，是水巡队第二批学员，总部位于刺桐，分驻刺桐、花莲两个港，主要防御台湾的西面和南面。
第一大队共有“大黄鱼”级潜艇12艘，“海燕”级鱼雷快艇20艘，由于现阶段主要的作战目标是ri本人，所以第二大队只有少量潜艇和鱼雷艇作为ri常训练之用，防御武器主要靠在港口外布设水雷。
潜艇这种新武器虽然欧洲也有少量装备，但是一直没人重视，原因是自保能力太差，受条件限制太多。由于没人重视，所以各种经验极少，都需要这些潜艇兵们自己慢慢摸索，更多的还是在战斗中总结。
随着1895年的临近，现在潜艇部队的训练量非常大，经常是几艘、十几艘的一起出海，由大型货船跟随，进行远洋拉练，并在途中演练伏击、追击、拦截、偷袭等战术，目标就是航道上的各国船只，当然了，不能发she鱼雷，只是预演。
鱼雷快艇这种小型军舰在各国海军里都有装备，当时叫雷击舰。主要是趁乱抵近发she鱼雷，打乱敌人阵型，撤退时候掩护主力用的，而且船速不快，鱼雷she程非常近，只有几百米。
“海燕”级鱼雷快艇提高了船速，鱼雷的she程和爆炸率也提高了不少，对于大编队集体伏击这种战术，也是新科目，那些德国退役的海军军官们也是初学，只能一起摸索。